農村稅費改革涉及到教育方面主要是“兩個取消”，即取消農村教育集資，取消農村教育費附加。這兩項教育經費來源取消后，使本已嚴重不足的教育經費更加短缺，給農村基礎教育的發展和農村學校的正常運轉帶來重重困難。
㈠拖欠教師工資問題突出。稅費改革后，農村教育費附加和教育集資這兩大支撐農村教育經費的來源被取消，使鄉級財政入不敷出的問題日益嚴重，無法完全保證教師工資發放已成為事實。從湖北省棗陽市吳店鎮的情況看，該鎮現有民辦教師104名，符合“民轉公”條件的有70人，符合退養條件的30人，按人均每年3000元計算，退休民師一年需要退休費90000元。解決拖欠教師工資問題任重道遠，形勢不容樂觀。
㈡學校正常運轉、維修、實施信息化難。目前農村中小學的公用經費主要來源是學雜費收入，缺口部分依靠鄉鎮收取的教育費附加補充。從吳店鎮的情況看，全鎮中小學公用經費年缺口在200萬元左右。教育費附加取消后，學校正常運轉面臨資金短缺問題，校舍、設備等基礎設施的維修經費沒著落，建設信息化的校園需要大量的資金作支撐，沒有經費來源，學校信息化建設難以推進。
㈢基本辦學條件得不到保障。由于經費不足，相當多地區不具備義務教育的基本辦學條件。據教育發展中心的抽樣調查，樣本小學按教學大綱開出所有課程的占87.2％，課桌椅殘缺不全的占37.8％，實驗教學儀器不全的占59.5％，教室或辦公室有危房的占22.3％，購教具、墨水、紙本、粉筆不足的占32.5％；樣本初中這一數字分別對應為21.8％、45.9％、70.3％、28.8％、35.0％。特別是稅費改革后取消了教育集資和農村教育費附加，也就切斷了農村學校改善辦學條件的重要來源。
㈣教育發展過程中積累的債務矛盾難以化解。20世紀90年代以后，為了“兩基”達標，各個學校紛紛舉債或集資達標，積累了高額債務。例如安徽很多中小學校負債累累，全省教育欠債達20億元。由于取消農村教育附加和集資，教育負債償還已經沒有經費來源，債務矛盾難以化解。
㈠中央與地方各級事權劃分不合理，財權與事權極不對稱。1985年，中國基礎教育實行財政分權改革，基礎教育投資責任由省、縣、鄉、村各級組織分擔，從教育財源看，形成了縣辦高中、鄉辦初中、村辦小學的分級辦學體制和縣、鄉兩級為主的管理體制。雖然中央和省級財政籌資能力相對較高，但其義務教育的責任卻微乎其微。愈到基層義務教育人口會越多，但其經濟實力及相應的財政能力卻越低，財權與事權不對稱。
㈡農村基礎教育財政轉移支付制度不規范，未能達到教育水平均等化效果。教育轉移支付是實現教育公平目標的重要形式，但由于新財政體制下的義務教育經費過分依賴于地方財政撥款和地方非資金調動，使得我國義務教育投入出現了地區差異。預算內公用經費，城鎮小學都要比農村高出1倍左右，生均公用經費占事業費也是城鎮地區大大高于農村。反思基礎教育之所以沒有達到預定的公平目標，主要有兩方面原因：第一，轉移支付的規模太小，不能起到維護公平的作用；第二，教育轉移支付分配效率低下，用于資助貧困人口發展的教育資金有部分轉移到非貧困人口身上，真正的貧困人口沒有受益。
㈢農村基礎教育財政支出使用效率低。我國農村基礎教育經費一方面十分緊缺，另一方面又存在浪費現象，主要表現在：⑴農村基礎教育事業費支出結構不合理。教育事業費包括人員經費和公用經費，兩者之間所占教育事業費的比例可以從一定程度上折射出教育支出效率的高低。通常國際上一般認為中學人員經費和公用經費為60％對40％，小學至少為70％對30％。而我國農村中小學公用經費所占比重偏低，達不到應有水平。⑵教師資源配置不合理。各級教育階段學生總量與教師總量的比率可以反映一國各級教育階段教師資源配置狀況。據聯合國教科文組織《世界教育報告》(1999)提供數據，發展中的平均生師比為：小學為30，中學為20；發達的平均生師比是：小學為16，中學為14。據統計，1999年我國農村小學的生師比為24.2，農村中學是16.5。這表明了我國農村基礎教育教師在總體上的配置不是短缺，而是過于奢侈，但同時我國邊遠農村的教師則嚴重短缺。⑶學校設置的不合理。布點分散，辦學規模小是影響教育資金使用效益的主要因素。當前由于自然條件和交通落后的原因，我國的農村中小學平均規模小，布點分散。這不僅加劇了農村基礎教育經費的浪費，也不利于提高我國的農村基礎教育水平。
㈣農村基礎教育資金的管理體制和機制不健全。管理體制和機制不健全，也是影響農村基礎教育資金使用效益的重要原因。主要表現在：第一，有較大比重的教育經費游離于預算監督之外，資金的使用缺乏預算約束、隨意性大，極易滋生各種亂收費。第二，在收入上，征收成本高，效率低下；在支出上，資金下撥后即失去了監督，結果財政支出的方向、結構失去了控制，大量的重復投入與無效投入并存，資金被截留、擠占、挪用現象嚴重。
㈠以稅費改革為契機，重新合理劃分各級的事權和財權，建立與財稅體制相適應、各級財政分級合理負擔的農村基礎教育經費投入機制。新的農村基礎教育經費投入機制應是以為主體，地方、學校為必要補充的投資機制，其主要依據是基礎教育的性質和我國現行的分稅制財政體制。義務教育是的公共基礎設施，其收益率遠遠大于個人收益率，應當成為義務教育經費投入的主體。農村稅費改革后，有必要根據各級占有財政收入的份額來分擔義務教育經費投入的比例。通過立法，將基礎教育教師全部納入公務員系列，其工資一律由中央支付。這不僅有利于保障教師的社會地位，保證每位教師在工資、工作、生活、醫療和退休等方面的合法待遇，而且有利于教師隊伍的穩定和質量的提高，有利于中央對教師的統一管理和考核。
㈡改革對非義務教育階段辦學包得過多的財政撥款體制，建立規范的以縱向轉移支付為主、縱橫交錯的轉移支付制度，加大向落后農村地區基礎教育資金轉移支付力度，實現教育公平。適當增加非義務教育階段學費在培養成本中的比例，將財政投入更多地用于義務教育，建立以縱向轉移支付為主，縱橫交錯的轉移支付制度。根據轉移支付公平與效率兼顧的原則，從制度層面上，設計出一種計算各地應有的財政收入和合理的基礎教育支出水平的辦法并使其公式化，規定基礎教育資金由發達地區向貧困地區轉移的額度，通過橫向轉移來實現基礎教育公平。加大向落后農村地區的基礎教育資金轉移支付力度，建立規范的義務教育財政專項轉移支付制度。
㈢將基礎教育經費全部實行預算統編，優化配置，提高使用效益和加強管理。將原來各種教育集資、教育維持費、雜費合并，按合理標準，實行“一費制”，并列入預算安排，統一編制、統一管理。地方要加強對教育資金使用的管理和監督，控制支出的方向，優化支出結構，加強運行監管。進一步深化農村學校內部財務管理改革，壓縮人員經費支出，提高公用經費的比重，以優化農村基礎教育事業費的支出結構。整編教師隊伍，精簡非教學人員，確保人員經費支出的效益。建立嚴格合理的教師分配、調動和流動制度，解決當前鄉鎮教師普遍超編，而邊遠地區農村教師嚴重不足且不能有效調節而造成的教師資源配置不當問題。合理調整農村中小學的布局。逐步改變辦學規模小、布點分散的現狀，實現學校設置的規范化，以便最大限度地實現投資效益。
㈣引入市場機制，建立多渠道籌資制度，形成基礎教育投資的多元化。基礎教育屬于公共產品性質，應當全部承擔辦學經費，但是為了基礎教育的更快發展，也不應當排除社會資金的進入。鑒于我國“窮國辦大教育”的現實，吸引社會資金進入農村教育意義重大。建議：一是建立教育政策性銀行，通過貸款、投資、擔保、補貼、貼現等資金運用方式來保障教育金融業務的順利開展；二是發行教育，廣泛吸收社會資金，將所籌得的資金切塊定向用于農村教育；三是以投入為基礎，建立全國性教育發展基金；四是應加大捐資助學活動的宣傳，引導社會集體、個人的捐資助學，對于個人捐資助學可考慮根據捐資金額的多少免征或減征個人所得稅，對企業則視情況免征或減征一定時期內的增值稅、所得稅等，以此來擴大人們對教育的支持；五是可考慮開征教育稅，取代各種收費，將中外企業都納入征稅范圍，從而拓寬稅基，穩定稅源，使財政的教育支出具有更加可靠的收入來源。
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