以央行票據發行兌付為特征的全國農村信用社改革于2003年啟動，2010年末基本完成。人民銀行主導的這一輪農村信用社改革主要目的是“花錢買機制”，經過各方的努力改革取得了階段性成果，全國農信社系統實力顯著提升，經營的可持續性增強。客觀評估上一輪農村信用社系統改革的實施效果，認真分析當前農村信用社在體制機制上仍存在的一些深層次問題，對明確下一步農村信用社改革的路徑具有重要意義。
上一輪深化農村信用社改革以2003年6月國務院出臺《深化農村信用社改革試點方案》（國發[2003]15號）為啟動標志，云南省等21個省被第二批納入改革試點范圍。從2005年二季度開始，云南省129個縣（市區）農村信用聯社按照核定額度，共認購專項中央銀行票據16億元。同時，成立云南省農村信用社聯合社，各縣（市、區）組建以縣聯社為主體的統一法人等改革措施不斷推進；大力開展增資擴股、理順產權關系；清理農村信用社債務，給予稅收優惠等支撐措施有效實施。到2007年年中，全省農村信用社經營狀況大幅改善，專項央行票據的兌付條件日益成熟。從2007年三季度開始到2009年末，全省129個縣（市）農村信用聯社（含已改制的農村合作銀行，下同）完成了專項票據兌付工作，共獲得資金支持16.79億元，其中含專項票據利息7948.2萬元。
通過央行票據的發行兌付，云南省農村信用社改革試點工作取得了階段性成果，信用社經營管理步入良性發展軌道。一是法人治理結構初步形成。各縣（市）聯社按照新的產權形式，逐步建立了社員代表大會、理事會、監事會和經營管理層（三會一層），完善了社員代表、理事、監事的產生辦法及三會一層的議事規則，決策、執行和監督相互制衡的管理架構基本成型。二是股權結構優化，股本實力增強。云南省農村信用社采取“轉、補、退”等多種方式積極穩妥地進行處置歷史舊股金，吸收各類投資主體入股農村信用社。2010年以來，已將20.16億元的資格股全部轉化為投資股，股本金的質量和穩定性得到提高。2011年末，全省農村信用社股本金總額達到75.13億元，比2006增長1.97倍，其中法人股金額占比22.65%、自然人股金額占比77.35%，股本結構不斷優化。三是歷史包袱得到化解，資產質量不斷提高。專項票據資金置換了云南省農村信用社13.51億元不良貸款和2.48億元的歷年掛賬虧損。隨著各項改革試點政策的實施，云南省農村信用社信貸資產風險進一步化解，資產質量不斷提高。截至2011年末，全省農村信用社五級分類不良貸款余額61.13億元，不良貸款率3.14%，比2006年下降5.03個百分點。四是資金實力穩步增強，抵御風險能力明顯提升。2011年末，云南省農村信用社資產總額達到3704.55億元，是2006年的2.8倍；資本充足率達到12.55%，比2006年增加3.1個百分點。撥備覆蓋率達到152.7%，是2006年的7.6倍，自身抵御經營風險能力明顯增強。五是業務規模迅速擴大，支農主力軍作用突出。2011年末，云南省農村信用社各項存、貸款余額為3166.97億和1946.52億元，分別是2006年末的3.2倍和3.1倍，占全省金融機構各項存、貸款余額的34.19%和20.62%。2011年全省信用社實現凈利潤37.17億元，比2006年增加了34.93億元，盈利能力明顯提升。農村信用社堅持服務“三農”導向，2011年末涉農貸款余額1402億元，占全省金融機構涉農貸款總量的33.4％，農村金融主力軍作用明顯。
總體來看，專項央行票據的發行和兌付推動了農村信用社完善法人治理結構，農村信用社的現代企業治理框架在形式上已經形成。票據兌付幫助信用社消化了歷史包袱，農村信用社發展進入快車道。
央行票據的發行兌付，雖然促進了農村信用社改革發展，但并未全部解決深層次的體制機制問題，主要有以下幾個方面。
目前，云南省農村信用社雖然建立了理事會（董事會）、監事會、社員代表大會和經營管理層的治理結構，但從運行效果看，相關機構沒有起到應有的作用。按照“三會一層”的制度設計，社員代表大會是信用聯社的最高權力機構，但由于“社外”社員代表對金融工作不熟悉，特別是農村社員對企業管理非常陌生，參加社員大會過程中難以實施具體
決策行為。如師宗縣農村信用社2011年股金約4287萬元，股東314戶，法人股東極少，僅2戶，法人股東極少，股東整體能力素質有限，股東大會進行重大決策的功能很難發揮。而持有農村信用社股份的經營管理人員則熟悉具體的經營運轉規則，在經營管理決策中的主導作用非常強，“三會一層”有演變為內部人控制的風險。同樣，監事會缺乏對理事會、管理層行為的監督制衡手段，其相互約束和相互制衡的管理機制難以到位。因而，“三會一層”的架構在形式上符合了現代企業法人治理結構的要求，但社員大會、監事會實際作用發揮有限，經營管理層發揮著實際的主導作用。
云南省農村信用社目前要接受省領導，以及當地人民銀行、銀監局的監督管理，還要接受省財政廳對各級農村信用社財務、經營管理情況和主要負責人薪酬制度等方面的檢查，形成金融辦、人行、銀監和省財政廳“四龍治水”局面。由于管理機構過多，職能交叉、權責不清，客觀上造成對農村信用社的檢查過多，且標準不一，讓農村信用社無所適從。過多的行政干預制約了信用社經營的自主性，信用社的業務開展日益以嚴格的內部考核及外部監管要求為中心，容易造成隱性不良貸款的不實反映，增加農村信用社經營風險。
省聯社是改革的產物，作為行業管理機構本應承擔it系統建設、產品研發、清算結算等行業服務職能，但省聯社對農村信用社的管理涵蓋了各縣聯社（農村合作銀行）主要領導的提名、內部改革方案、發展規劃、年度目標、財務管理、資金調配、信貸規模切塊等各個方面，其集權管理模式弱化了基層農信社的法人自主權，也導致經營管理層不重視對股東的責任，形成“重上級指標，輕內部管理，重對上級負責，輕對股東負責”的短期行為，不利于基層農村信用社的可持續發展，更難以保證股東利益目標的實現。 （四）對農村信用社進一步改革的定位不清，單純追求組織形式升級的傾向明顯
央票考核兌付的階段性工作完成后，是堅持合作制還是搞徹底的股份制，是保持縣級法人機構穩定還是組建大的農村商業銀行，農村信用社下一步改革方面不明確。省、省聯社不斷爭取設立大一統的省級農村商業銀行，銀監部門力推農信聯社轉制為農村合作銀行，農村合作銀行改制為農村商業銀行。農村合作銀行順利改制為農村商業銀行后自身將難以享受較低的存款準備金、資本充足率等扶持政策，其轉制的積極性并不高。并且，農村信用社在支持“三農”、民生方面具有明顯的比較優勢，在其向農商行轉制過程后，出于財務利潤的考慮，原有的服務“三農”、民生類業務乃至機構可能面臨較大幅度的調整，金融服務“三農”的力度有明顯弱化的風險。
一是少數民族地區行社經營狀況較差。在全省農村信用社盈利能力明顯改善的背景下，2011年，仍有怒江州瀘水縣等24個少數民族地區農村信用社的資產利潤率同比下降，且低于同期全國平均水平。二是自然災害的頻發對部分地區農村信用社的資產質量造成較大影響。近幾年來，云南省干旱、地震等自然災害頻發，在農村擔保體系不健全、缺少有效的風險分散和保障機制的前提下，因災形成的經濟社會損失直接或間接地影響到農村信用社的資產質量。特別是邊遠民族地區，因農村基礎設施薄弱，農業弱質性特征更為突出，當地農村信用社資產質量因災受損程度較大。據統計，僅2010年，云南省農村信用社因旱災形成的不良資產達23.2億元。此外，一些邊遠、少數民族地區農村信用社金融產品和服務方式較為單一，可持續經營能力不足，很難滿足這些地區日益增長的“三農”金融服務需求。
一是支農再貸款政策與存貸比控制的矛盾，銀監部門在考核存貸比時將農信社利用再貸款發放的貸款計算在貸款總額中，按不超過75%進行控制，使得再貸款引導涉農貸款增長的效果大打折扣。二是地方法人貸款新增控制沒有體現對“三農”的扶持，在總行確定的差別準備金動態調整公式中，參數設置沒有體現對西部落后農業地區的差別。因而，盡管有進一步加大對
經過上一輪改革，全國范圍內農村信用社經營形勢良好，整體實力和自我發展的能力明顯增強，深入推進農村信用社改革的時機已經成熟。針對當前體制機制方面的問題，農信社下一步的改革可以嘗試“合作制——股份制——縣級聯社（合行）組建地市級區域農商行——省聯社淡出行政管理職能——形成實力較強、自主經營的區域農商行體系”的路徑，具體建議如下。
股份制改造的目標是還權于股東（社員），讓資本真正擁有話語權、決定權。根據國務院《關于鼓勵和引導民間資本健康發展的若干意見》的要求，應該鼓勵農村信用社引進戰略投資者和不同行業的法人股東，適當集中股份，優化股權結構，真正發揮市場在配置資源方面的核心作用；同時，優化股東代表大會的召開形式，提高自然人股東的參會比例，保障各類股東利益，形成以資本為紐帶的有效約束，減少內部人控制的風險。通過股份制改造，為縣級農信社（合行）合并形成區域性的農村商業銀行打下基礎。
農村信用社組織形式的選擇一定要與當地經濟金融發展水平、農村信用社發展實際相適應，應該在充分尊重農信社自主選擇的基礎上，以市場為導向進行改造，可以多種模式并存。當前，應該大力鼓勵城鄉一體化水平高的地市整合各縣級聯社（和行），組建市級農村商業銀行。其利有三：一是可以解決各縣級聯社發展不平衡的問題，實現整體發展。二是可以增強農商行的規模和實力和抵御風險的能力。三是可以脫開省聯社的行政干預。縣聯社組建市級農商行后，重大事項由董事會決定，日常監管由人民銀行、銀監部門負責，省聯社的控制力將大大削弱。城鎮化水平較高的縣市，可以單獨組建縣市級農村商業銀行；經濟發展落后地區的縣域農村信用社，不鼓勵其發展成為農村商業銀行，重點是進行股份制改造，進一步強化縣級信用聯社法人主體地位，增強服務功能。
首先是改革現行的省聯社管理模式，淡化省聯社行政職能，將其改造成為企業化的全省農村信用社行業服務組織，在it系統建設、產品研發、清算結算、員工培訓、政策咨詢等方面為轄內農合機構提供中后臺服務。其次，加強人民銀行對農信社的政策指導，加強和改進專項央行票據兌付后的監測管理工作，建議在推進農信社股份制改造的過程中，將央行票據資金支持金額計算成股份，由人民銀行分支機構以出資人身份進行監督和政策指導，增強管理的效果。再次，實施差異化監管，把合規性監管和風險監管放在農信社監管的首位，考慮對落后地區執行相對寬松的監管指標，支持這部分農信社發展業務。人民銀行、銀監部門、地方、省聯社要加強溝通協作，按照各自的職責分工發揮監督管理職能，構建職能明確、分工協調的新型農信社管理監督體系。
首先，要加大財政政策扶持力度。將針對農信社的企業所得稅減半、營業稅按3%征收等稅費優惠政策執行期限延長至“十二五”期末，對民族地區和貧困地區農信社實行免征企業所得稅的優惠政策。其次，協調解決支農再貸款政策與銀監部門存貸比控制之間的矛盾，允許計算農信社存貸比時將農信社利用再貸款發放的貸款從總額中剔除；對貧窮落后地區，尤其是資金相對緊張且支農力度較大的農信社，按照經營規模、還款能力加大再貸款支持，并實施適度優惠的支農再貸款利率。第三，在貨幣政策的數量型工具上對農信社給予傾斜，對西部農業地區的農信社，在確定差別存款準備金動態調整的相關參數給予扶持，支持相關農信社擴大信貸投放。第四，繼續實施對農信社增量涉農貸款的獎勵和定向補貼政策，引導農信社擴大涉農貸款投放。第五，合理有序的安排對農信社優惠政策的退出，認真考慮災后重建
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